1976年6月27日，法國航空139號班機從以色列特拉維夫飛往法國巴黎，第一段航程一切平順。飛機準時起飛，機上載有240多名乘客與12名機組人員。班機在雅典進行例行加油後，再度起飛，繼續前往巴黎。然而，起飛後不久，機艙內忽然傳來混亂雜聲。來自巴勒斯坦人民解放陣線（PFLP-Popular Front for the Liberation of Palestine）與支持巴勒斯坦的德國恐怖組織「巴德－麥因霍夫集團」（Baader-Meinhof，即「紅軍派」）的恐怖份子拔出武器並宣布他們已劫持飛機。

聽見機艙內的尖叫聲時，巴科斯機長起初還以為機上發生火災。飛機的總工程師打開駕駛艙門，卻赫然與一名手持手槍與手榴彈的德國恐怖份子面對面。「只要你們別動，不做任何可疑的事，就不會有人受傷。」那名德國人對機組人員說道。隨後，他將槍口頂在巴科斯機長的頸部，命令他立刻改變航向，不再飛往巴黎，而是前往利比亞。

巴科斯機長事後解釋，他當時別無選擇：「我們只能服從恐怖份子的命令……每次我試圖看向別處，他就把槍管更用力地抵住我的脖子。」當時52歲的巴科斯機長，是一個歷經二戰的老兵，也是一名經驗豐富的飛行員。他努力保持冷靜，將飛機駕駛至利比亞的班加西（Benghazi）。那裡的獨裁者穆阿邁爾．格達費（Muammar Gaddafi）支持恐怖份子的立場，並允許飛機加油。加油完成後，恐怖份子再次命令機組人員起飛，這一次，目的地是烏干達。

飛機降落在恩德培（Entebbe）後，統治烏干達的種族滅絕獨裁者伊迪．阿敏（Idi Amin）親自來到停機坪熱情地迎接劫機者。隨後，更多巴勒斯坦恐怖份子與烏干達士兵登上了飛機。他們進入機艙，檢查乘客的證件和護照，並將猶太乘客和非猶太乘客分開。

在所有乘客中，有148人既非猶太人也非以色列人。他們於1976年6月29日獲得釋放。而其餘的53名乘客，則被押往一棟悶熱不堪及早已廢棄的航廈，並被囚禁成為人質。劫機者與烏干達士兵告訴非猶太乘客，他們可以搭乘下一班飛往巴黎的班機離開；然而，對猶太乘客來說，等待他們的卻是令人不寒而慄的命運。恐怖份子提出最後通牒：要求釋放54名被關押在以色列及世界各地監獄中的巴勒斯坦恐怖份子，並同時索取500萬美元贖金。若這些要求未被滿足，他們將開始殺害猶太人質。

在這樣的時刻，巴科斯機長與其餘機組人員被告知：他們可以離開。然而，這位機長拒絕拋下他的猶太乘客。「我告訴我的機組人員，我們必須陪伴他們走到最後，這是我們的傳統，我們不能接受被釋放自由地離開。我的全體機組人員，沒有任何一個人反對。」他後來回憶道。

巴科斯機長要求探視猶太乘客，最終獲得允許探望這群驚恐萬分的人質。多年來飛行以色列航線的經驗，讓他略通希伯來語。於是，他在驚恐的人群中輕聲安慰，努力傳遞一份盼望與平安，即便那份平安，連他自己幾乎都感受不到，但他仍安撫猶太乘客。在當時看來，整個局勢幾乎毫無希望。

人質們並不知道，就在他們被囚禁的同時，以色列特種部隊正在秘密策劃一場極其大膽的營救行動。在嘗試與伊迪．阿敏理性溝通無果後，以色列官員轉而尋求法國的協助，盼能共同解救人質。然而，隨著日子一天天過去，恐怖份子不斷設定新的最後期限，以及提出毫無妥協空間的無理要求；現實處境逐漸變得清晰，以色列知道自己被孤立了。為了拯救遠在數百英里外和身處敵對國家的猶太人質，以色列只能獨自尋找出路。

1976年7月3日，在恐怖份子揚言即將開始射殺人質的前幾個小時，以色列總理伊扎克．拉賓批准了一項史無前例的絕密襲擊。四架載有以色列士兵的運輸機自以色列起飛，先降落在埃及港口沙姆沙伊赫（Sharm el-Sheikh），隨後再次起飛，飛往恩德培。